Das Dorf Agia Kyriaki liegt im Südwesten der griechischen Insel Samos an den Ausläufern des Kerkis in einem kleinen, abgeschlossenen Tal, das am Meer beim kleinen Küstenort Limnionas endet. Die nächstgelegenen Dörfer sind Kallithea 5 km nordwestlich und Ormos Marathokambou 7,2 km östlich.